В высшей лиге независимой Украины клуб выступал четырежды, в сезоне 2001/2002, 2004/05 — 2005/06 и 2007/08. В сезоне 2008/09 «Закарпатье» заняло первое место в Первой лиге, благодаря чему выступало в сезоне 2009/10 в высшем дивизионе Украины — Премьер-лиге.

Профессиональная футбольная лига Украины по итогам сезона 2011/12 назвала главного тренера «Говерлы-Закарпатья» Александра Севидова лучшим тренером. Лучшим игроком сезона стал полузащитник клуба Дмитрий Трухин, а лучшим бомбардиром первой лиги — Александр Косырин, который выступал в этом сезоне в ФК «Одесса» и «Говерле-Закарпатье» и забил в сумме 19 мячей. Также ужгородский клуб победил в сезоне 2011/12 и в конкурсе «Честная игра»[1].

По итогам сезона 2012/13 клуб занял предпоследнее место в турнирной таблице и должен был понизиться в классе, но в силу обстоятельств, которые помешали двум клубам из первой лиги занять вакантные места (с учётом места распавшегося «Кривбасса»), «Говерла» осталась в украинской премьер-лиге (наравне с запорожским «Металлургом»)[2].